Ο Αναστάσιος Μπονιάκος γεννήθηκε στην Αθήνα.

Αποφοίτησε από το 20ο Λύκειο Αθηνών με «άριστα» και εισήχθη στο Ιατρικό Τμήμα του Παν/μίου Αθηνών όπου αποφοίτησε το 1991. Εξειδικεύθηκε στην ειδικότητα της Ενδοκρινολογίας στο Τμήμα «Ενδοκρινολογίας Σακχαρώδους Διαβήτη & Μεταβολισμού» υπό τη διεύθυνση του αειμνήστου Νικολάου Θαλασσινού και της ομάδας του. Παράλληλα εκπόνησε την διατριβή του στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και φέρει του τίτλο του διδάκτορος.

Είναι μέλος της Ελληνικής Ενδοκρινολογικής Εταιρίας, της Ελληνικής Εταιρίας Μελέτης Μεταβολισμού των Οστών, της Ελληνικής Εταιρίας Παχυσαρκίας, της EASD (European Association for the Study of Diabetes) και της Endocrine Society.